IDENTIFKASI VARIASI GENETIK KERBAU (Bubalus bubalis) PACITAN DAN TUBAN BERBASIS MIKROSATELIT

Primadya Anantyarta

DOI: https://doi.org/10.23917/bioeksperimen.v3i1.3667

Abstract

Kurangnya pelestarian kerbau dapat mengancam populasi, sehingga perluusaha menjaga plasma nutfah dan upaya awal mengetahui variasi kerbau di daerah endemik. Pacitan dan Tuban merupakan daerah endemik di Jawa Timur. Penelitian deskriptif eksploratif ini bertujuan menjelaskan variasi fenotip dan genotip kerbau. Fenotip meliputi bentuk dan warna tubuh, warna mata, panjang tanduk, leherdan ekor, lingkar dada, tinggi dan panjang badan, ukuran kepala. Penelitian genotip dilakukan menggunakan primer HEL09 dan INRA023 yang ditunjukkan adanya pita (alel) DNA homozigot maupun heterozigot. Penelitian diawali dengan pengambilan sampel darah, isolasi DNA dan elektroforesis gel agarose. Polimerase Chain Reaction (PCR) dilakukan untuk memperbanyak konsentrasi DNA, elektroforesis Poliacrylamidegel dan silver staining untuk mengetahui alel DNA. Analisis hasil penelitian menunjukkan nilai heterozigositas kerbau Pacitan dengan primer HEL09 sebesar 54%, PIC 42%, sedangkan dengan primer INRA023 nilai heterozigositas sebesar 88%, PIC 77%. Pada daerah Tuban, nilai heterozigositas dimunculkan primer HEL09 sebesar 55%, PIC 36%. Nilai heterozigositas dimunculkan primer INRA023 sebesar 60,96% PIC 53%. Nilai PIC dimunculkan primer INRA023 lebih besar daripada nilai PIC HEL09, sehingga primer INRA023 lebih polimorfik daripada primer HEL09 dan lebih dapat menjelaskan tentang variasi dalam suatu populasi.

Keywords

Kerbau, Variasi fenotip, Variasi Genetik, Mikrosatelit, polimorfik

Full Text:

PDF

References

Andres, J. 2011. Identifikasi Keragaman Genetik Kerbau (Bubalus bubalis) Lokal Madiun berbasis Mikrosatelit sebagai Bahan Penyusnan Bahan Ajar Biologi di Sekolah Menengah Atas (SMA) (Tesis). Malang: Universitas Negeri Malang. Program Pascasarjana. Program Studi Pendidikan Biologi.

Azrai, M. 2005. Pemanfaatan Markah Molekuler dalam Proses Seleksi Pemuliaan tanaman, AgroBiogen 1(1): 26-37.

Dudi, 2007. Peningkatan Produktivitas Kerbau Lumpur (Swamp Buffalo) di Indonesiamelalui Kegiatan Pemuliaan Ternak Berkelanjutan (Online), (http://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=7&cad=rja&sqi=2&ved=0CFAQFjAG&url=http%3A%2F%2Fwww.nuffieldbioethics.org%2Fsites%2Fdefault%2Ffiles%2FGM%2520crops%2520%2520full%2520report.pdf&ei=7WHjUejpL8TwrQfl_YGoDw&usg=AFQjCNFJ_ezNEIF3D4bL4vIviHQFNmWKew&bvm=bv.48705608,d.bmk, diakses Juli 2013).

Hartl, D.L. 1998. A primer Of Population Genetics, Second Edition. USA: Sinauer Associate, inc.

Hasinah, H. & Handiwirawan, E. 2010. Keragaman Genetik Ternak Kerbau di Indonesia. Makalah disajikan dalam Lokakarya Nasional Usaha Ternak Kerbau Mendukung Program Kecukupan Daging Sapi. Bogor 2006.

Hidayati, Nurkhairo. 2001. Perbandingan Variasi Genetik Kerbau Lokal Riau dan Kerbau Lokal Sumatera Barat Berbasis Mikrosatelit Sebagai Bahan Ajar Mata Kuliah Genetika. Tesis tidak diterbitkan.

Hildebrand, Carl E., Torney, David C., and Wagner, Robert P. 1992. Mapping the Genome: Informativeness of Polymorphic DNA Markers, 20: 100-102.

Ibrahim, L. 2008. Produksi Susu, Reproduksi dan Manajemen Kerbau Perah Sumatera Barat, Jurnal Peternakan 5(1): 1-9.

IPB, 2009. Kerbau. (Online), (http://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=3&cad=rja&ved=0CEMQFjAC&url=http%3A%2F%2Frepository.ipb.ac.id%2Fbitstream%2Fhandle%2F123456789%2F54826%2FDaftar%2520Pustaka.pdf%3Fsequence%3D8&ei=QOMgUabXKojqrQeC3IDQDg&usg=AFQjCNEXfm1bkrR7hcf_R_sROrB-Um3bUw&bvm=bv.42553238,d.bmk, diakses Desember 2012).

Meiga, R. & Djuita, N. R. 2010. Deteksi Integritas Genomik Pisang Hasil Iradiasi In Vitro berdasarkan Penanda Mikrosatelit. Makara, Sains Vol. 14 No. 2: (151-157).

Nopri, H. 2013. Gambaran Umum Kerbau. (Online), (http://peternakan-domba-kambing-sapi-kerbau.blogspot.com/2010/03/gambaran-umum-kerbau.html, diakses Maret 2013).

Nuraida, D. 2012. Analisis Variasi Genetik Varietas Unggul Kapas Gossypium hirsutum sebagai Materi Penyusun Buku Pengayaan Biologi. Disertasi, Program Studi Pendidikan Biologi, Program Pascasarjana Universitas Negeri Malang.

Permana. 2001. Teknik Analisis Biologi Molekuler. UB: Malang.

Riyanto. 2010. Identifikasi Variasi Genetik Kerbau Lokal Jawa Timur (Bubalus Bubalis) dari Wilayah yang Berbeda berbasis Mikrosatelit sebagai Pengembangan Bahan Ajar Mata Kuliah Genetika. Tesis tidak diterbitkan.

Roefiq, A. 2002. Metodologi Penelitian. FKIP UMM Press, Malang.

Robert, C. Elston. 2005. Encyclopedia of Biostatistics. (Online), (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/0470011815.b2a05078/abstract diakses Juli, 2013)

Rukmini. 2010. Identifikasi Variasi Genetik Kerbau (Bubalus bubalis) Lokal Aceh Besar Berbasis Mikrosatelit sebagai Petunjuk Praktikum Matakuliah Teknik Analisis Biologi Molekuler. Tesis, tidak diterbitkan.

Shete S., Tiwari H., Elston RC. 2000. On Estimating the heterozigosity and polymorphism information content value. (Online), (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10828218, diakses Juli 2013).

Sukri, Akhmad. 2011. Identifikasi Variasi Genetik Kerbau Lokal (Bubalus Bubalis) Lombok Tengah Nusa Tenggara Barat, Berbasis Mikrosatelit sebagai Bahan Ajar Mata Kuliah Genetika. Tesis tidak diterebitkan.

Sumantri, C., Farajallah A., Fauzi, U., dan Salamena, J. F. 2008. Keragaman Genetik DNA Mikrosatelit dan Hubungannya dengan Performa Bobot Badan pada Domba Lokal.Media Peternakan (31)1 : 1-13.

Susilawati, E. & Bustami. 2008. Pengembangan Ternak Kerbau di Provinsi Jambi. Makalah disajikan dalam Seminar dan Lokakarya Nasional Usaha Ternak Kerbau. Jambi 2008.

Article Metrics

Abstract view(s): 930 time(s)
PDF: 1284 time(s)

Refbacks

  • There are currently no refbacks.