Deteksi Polimorfisme Gen Mitokondria 16S Ikan Glodok (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1837) Dari Muara Tekolok, Lombok Timur, Nusa Tenggara Barat

Deiandra Jasmine Audrea(1), Tuty Arisuryanti(2*)

(1) Faculty of Biology Universitas Gadjah Mada
(2) Faculty of Biology Universitas Gadjah Mada
(*) Corresponding Author

Abstract

Muara Tekolok, Lombok Timur, Nusa Tenggara Barat merupakan salah satu muara dengan biodiversitas ikan tinggi dan salah satu jenis ikan yang banyak ditemukan adalah ikan glodok (Periophthalmus argentilineatus). Namun demikian, penelitian mengenai karakterisasi genetik ikan glodok dari Muara Tekolok menggunakan gen mitokondria 16S sebagai penanda molekuler belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakterisasi genetik dan variasi genetik 9 sampel ikan glodok (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1837) dari Muara Tekolok berdasarkan gen mitokondria 16S. Metode yang digunakan pada penelitian adalah metode PCR menggunakan thermal cycler dan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Data yang diperoleh selanjutnya dianalisis menggunakan program GeneStudio, DNASTAR, BLAST, Mesquite, MEGAX, DNAsp, dan NETWORK. Hasil analisis variasi genetik intrapopulasi menunjukkan bahwa dari 9 sampel ikan glodok yang diteliti terdeteksi 3 haplotype dengan 2 situs polimorfik tanpa parsimony informative site.  Hasil penelitian juga menunjukkan nilai keragaman haplotipe yaitu 0,417 ± 0,191 dan nilai keragaman nukleotida adalah 0,00079± 0,00039 serta jarak genetik intrapopulasi antara 0%-0,355% dengan rata-rata 0,079%. Hasil penelitian menunjukkan adanya polimorfisme pada level intrapopulasi dan mengindikasikan adanya variasi genetik pada ikan glodok dari Muara Tekolok.

Keywords

Ikan glodok, Periophthalmus argentilineatus, Muara Tekolok, polimorfisme, gen mitokondria 16S.

References

Arief, A. 2003. Hutan Mangrove. Yogyakarta : Kanisius. Halaman 22.

Arisuryanti, T., Hasan, R.L., and Koentjana, J.P. 2018. Genetic Identification of Two Mudskipper Species (Pisces: Gobiidae) from Bogowonto Lagoon (Yogyakarta, Indonesia) using COI Mitochondrial Gene as a DNA Barcoding Marker. AIP Conference Proceedings. 2002 (1) : 020068.

Arisuryanti, T., G.A. Pratama, L. Hakim, J.P. Koentjana, F.K. Nazira. 2019. Genetic characterization of kissing gourami (Helostoma temminckii Cuvier, 1829) in Ogan River, South Sumatra inferred from 16S rRNA and COI mitochondrial genes. Indonesian Fisheries Research Journal 25(1): 37-44.

Cawthorn, D.M., H.A. Steinman and R.C.Witthuhn. 2012.Evaluation of the 16S and 12S rRNA genes as universal markers for the identification of commercial fish species in South Africa. Gene 491 (1): 40-48

Dahruddin, H., Hutama, A., Busson, F., Sauri, S., Hanner, R., Keith, P., Hadiaty, R., and Hubert, N. 2016. Revisiting the ichthyodiversity of Java and Bali through DNA barcodes: taxonomic coverage, identification accuracy, cryptic diversity and identification of exotic species. Molecular Ecology Resources 17(2) : 288 – 299.

Fakhri, F., Narayani, I., dan Mahardika, I.G.N.K. 2015. Keragaman Genetik Ikan Cakalang (Katsuwonus pelamis) dari Kabupaten Jembrana dan Karangasem, Bali. Jurnal Biologi 19 (1) : 11 – 14.

Hobbs, J.P.A., Van Herwerden, L., Jerry, D.R., Jones, G.P. Munday, P.L. 2013. High genetic diversity in geographically remote populations of endemic and widespread coral reef angelfishes (genus: Centropyge). Diversity, 5(1): 39-50

Kimura, M. 1980. A Simple Method for Estimating Evolutionary Rates Base Substitutions Through Comparative Studies of Nucleotide Sequences. Journal of Molecular Evolution 16 : 111 – 120.

Kumar, S., Stetcher, G., Li, M., Knyaz, C., and Tamura, K. 2018. MEGAX: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Molecular Biology and Evoluution 35 (6) : 1547-1549.

Librado, P., and Rozas, J. 2009. DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics. 25: 1451-1452.

Maddison, W.P., and Maddison, D.R. 2018. Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 3.51. Accessed at http://www.mesquiteproject.org.

Palumbi, S.R. 1996. Nucleic Acids II: The Polymerase Chain Reaction. In Hillis, D.M., Moritz, C., and Mable, B.K. Molecular Systematics. Massachusets: Sinauer Associates. Page 205-247.

Polgar, G., Zane, L., Babbucci, M., Barbisan, F., Patarnello, T., Ruber, L., and Papetti, C. 2014. Phylogeography and demographic history of two widespread Indo-Pacific mudskippers (Gobiidae : Periophthalmus). Molecular Phylogenetics and Evolution 73 (2014) : 161 – 176.

Purwaningsih, S., Salamah, E., dan Dewantoro, R. 2014. Komposisi kimia dan asam lemak ikan glodok akibat pengolahan suhu tinggi. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia 17 (2) : 166 – 174.

Rha'ifa, F.A., Audrea, D.J., Hakim, L., Arisuryanti, A. 2021. DNA barcode of barred mudskipper (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1837) from Tekolok Estuary (West Nusa Tenggara, Indonesia) and their phylogenetic relationship with other Indonesian barred mudskippers. Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology, 6(2), jtbb59702.

Saad, Y.M. 2019. Analysis of 16S mitochondrial ribosomal DNA sequence variations and phylogenetic relations among some Serranidae fishes. South African Journal of Animal Science 49(1): 80-89.

DOI: 10.23917/bioeksperimen.v8i2.14679

Article Metrics

Abstract view(s): 464 time(s)
PDF (Bahasa Indonesia): 312 time(s)

Refbacks

  • There are currently no refbacks.